O fundador do Instituto dos Clérigos Regulares da Mãe de Deus e da Congregação De Propaganda Fide foi inexplicavelmente recusado pela ordem franciscana. Ou melhor, foi uma providencial recusa, pois que este luquês, filho de Tiago e Joana Lippi — aprendiz de farmácia e estudante por conta própria, refugiado em Roma durante alguns anos, depois da ordenação sacerdotal —, teve ocasião de travar amizade com dois grandes santos: Filipe Néri e José Calasanz, e de fazer-se apreciar pelo papa, que lhe confiou delicadas missões. No desempenho destas, suas qualidades de homem prudente e caritativo eram as mais indicadas para que ele servisse de mediador e restabelecesse a disciplina em antigos conventos onde se infiltrara o espírito alegre e gozador da vida do Renascimento.

Na juventude, João Leonardo, embora longe de casa e dos olhos vigilantes dos pais, estudante de medicina em Lucca, não se perdeu atrás de alegres companhias estudantis, mas, sob a guia do frade dominicano Bernardini, recolheu em torno de si alguns companheiros. Com estes, dedicou-se ao voluntariado para a assistência aos idosos abandonados e aos peregrinos.

Ordenado sacerdote, foi-lhe confiada a igreja de São João della Magione, onde pôs em prática um de seus audaciosos projetos, instituindo uma escola para o ensino da religião — primeiro núcleo da Congregação dos Clérigos Regulares, com sede junto à igreja de Santa Maria da Rosa.

O instituto foi aprovado em 1593, embora, como ficou dito, ele tivesse sido levado a afastar-se de Lucca por causa das manifestações de incompreensão (não raras na vida dos santos).

Em Roma, impelido pelo espírito missionário, excogitou e programou com o espanhol Vives uma congregação de sacerdotes que desenvolvessem seu apostolado entre os infiéis. Nascia assim a Congregação De Propaganda Fide, de Roma, destinada a influir profundamente na história missionária da Igreja universal.