O papa Eugênio III nasceu em Montemagno, numa família cristã, rica e da nobreza italiana. Foi batizado com o nome de Píer Bernardo Paganelli, estudou e recebeu a ordenação sacerdotal na diocese de Pisa, centro cultural próximo da sua cidade natal.

Possuía um temperamento reservado, era inteligente, muito ponderado e calmo. Segundo os registros da época, em 1130 ele teve um encontro com o religioso Bernardo de Claraval, fundador da Ordem dos Monges Cistercienses e hoje um santo da Igreja. A afinidade entre ambos foi tão grande que, cinco anos depois, Píer Bernardo ingressou no mosteiro dirigido pelo amigo e vestiu o hábito cisterciense.

Através da convivência com Bernardo de Claraval, ele se tornou conhecido, pois foi escolhido para abrir um outro mosteiro da Ordem em Farfa, diocese de Viterbo, sendo consagrado o abade pelo papa Inocêncio II. Quando esse papa morreu, o abade Píer Bernardo foi eleito sucessor.

Isto ocorreu não por acaso, ele era o homem adequado para enfrentar a difícil e delicada situação que persistia na época. Roma estava agitada e às voltas com graves transtornos provocados, especialmente, pelo líder político Arnaldo de Bréscia e outros republicanos que exigiam que fosse eleito um papa que forçasse a entrega do poder político ao seu partido. Muitas casas de bispos e cardeais já tinham sido saqueadas. Por isso os cardeais resolveram escolher o abade Píer Bernardo, justamente porque ele estava fora do colégio cardinalício, portanto isento das pressões dos republicanos.

Ele assumiu o pontificado com o nome de papa Eugênio III. Mas teve de fugir de Roma à noite, horas após sua eleição, para ser coroado no mosteiro de Farfa, em Viterbo. Era o dia 18 de fevereiro de 1145. Como a situação da cidade não era segura, o novo papa e seus cardeais decidiram mudar para Viterbo. Quando a população romana foi informada, correu para pedir sua volta. Foi assim, apoiado pelo povo, que o papa Eugênio III retornou para Roma e assumiu o controle da cidade, impondo a paz. Infelizmente, durou pouco.

Em 1146, Arnaldo passou a exigir a destruição total de Trívoli. Novamente o papa Eugênio III teve de fugir. Como se recusou a comandar o massacre, ele corria risco de morte. Teve de atravessar os Alpes para ingressar na França, onde permaneceu exilado por três anos.

Os conflitos não paravam, o povo estava sempre nas ruas, liderado por Arnaldo, e o papa teve de ser duro com os insubordinados da Igreja que se aproveitavam da situação. Nesse período, convocou quatro concílios para impor disciplina. Também depôs os arcebispos de York e Mainz; promoveu uma séria reforma na Igreja e na Cúria Romana em defesa da ortodoxia nos estudos eclesiásticos. Enviou o cardeal Breakspear, o futuro papa Adriano IV, para divulgá-la na Escandinávia, enquanto ele próprio ainda o fazia percorrendo o norte da Itália.