Bartolomeu nasceu em Lisboa, em maio de 1514. Era filho de Domingos Fernandes e de Maria Correia, ambos de famílias tradicionais, abastadas e nobres. O filho foi batizado com o nome do santo apóstolo na igreja de Nossa Senhora dos Mártires e, por serem seus devotos, incluíram também o “dos Mártires” para homenagear Maria.

Foi educado na Corte portuguesa com muito requinte, recebeu sólida formação humanística e cristã. Cedo decidiu pela vida religiosa, ingressando na Ordem dos Dominicanos em 1528. Fez o noviciado no mosteiro de Lisboa, onde se diplomou em filosofia e teologia. Desde sua graduação, em 1538, foi professor nos vários conventos da capital da Corte, função que exerceu durante vinte anos.

Foi apresentado pela rainha Catarina para suceder o arcebispo de Braga e o papa Paulo IV confirma-o, em 1559. Bartolomeu aceitou essa dignidade por obediência ao seu prior provincial, o qual o teria indicado antes à rainha, de quem era conselheiro e confessor.

Iniciou a sua atividade na vastíssima arquidiocese empreendendo uma atividade apostólica de ação multifacetada e de cunho reformador. Realizou incontáveis visitas pastorais; empenhou-se na evangelização do povo, para isso publicando o “Catecismo ou doutrina cristã e práticas espirituais”, que continua sendo editado. Atento e solicito à cultura e santificação do clero, instituiu aulas de teologia moral em vários locais da diocese e escreveu cerca de trinta obras doutrinais, cujas publicações atingiram o terceiro milênio. Uma que mereceu particular importância foi o “Stimulus pastorum”, distribuída aos padres dos Concílios Vaticano I e II, e que foi editada mais de vinte vezes.

Esse empenho reformador o bispo Bartolomeu dos Mártires imprimiu, também, em espaços estruturais e durante toda a sua vida. Em 1560, confiou aos padres jesuítas o ensino público a cargo da arquidiocese de Braga, o que originou o excelente Colégio de São Paulo.

No ano seguinte, construiu o Convento da Santa Cruz na cidade de Viana do Castelo.

Participou no Concílio de Trento, de 1561 a 1563, onde apresentou mais de duzentas e sessenta petições como síntese das interpelações de reforma para a Igreja. Solidificou ainda mais a marca do grande reformador que era, quando, no ano seguinte, efetuou, em Braga, um sínodo diocesano, e, depois de dois anos, um outro, provincial.

Foi ele também que, entre 1571 e1572, idealizou e iniciou a construção do Seminário Conciliar no Campo da Vinha. Nesse ano, decidiu renunciar ao arcebispado de Braga. Foi para o Convento da Santa Cruz, onde se manteve recolhido, dedicando-se aos estudos eclesiásticos e à pregação até morrer, em 16 de julho de 1590. Reconhecido e aclamado pelo povo por sua santidade como pai dos pobres e dos enfermos, seu túmulo encontra-se na antiga igreja dominicana em Viana do Castelo, Portugal.